Pomysł na umożliwienie młodzieży niepełnosprawnej kształcenia na poziomie ponadgimnazjalnym zrodził się w 1999 roku, w trakcie budowy nowej siedziby Zespołu Szkół Zawodowych nr 3 w Siedlcach. Formalny wniosek w tej sprawie, zgłoszony przez pana dyrektora Jana Stankiewicza, poparty został przez Radę Pedagogiczną 13 grudnia 1999 r. Za przyjęciem takiej decyzji przemawiała przede wszystkim potrzeba zapewnienia ciągłości kształcenia osób niepełnosprawnych w Siedlcach na wszystkich poziomach edukacyjnych (działały już na terenie miasta: zarówno przedszkole integracyjne, jak i wyższa uczelnia, a od 2001 r. także gimnazjum z klasami integracyjnymi). 24 stycznia 2002 r. Rada Miasta Siedlce, na mocy podjętej uchwały, zmieniła nazwę naszej szkoły, która od tej chwili stała się Zespołem Szkół Ponadgimnazjalnych nr 3 z Oddziałami Integracyjnymi.